Pierwszy drewniany kościół w tym miejscu ufundował w 1395 r. Wielki Książę Litewski Witold.
W latach 1719-1723 wybudowano barokową świątynię murowaną. Nazywano ją Białą Farą lub Farą Witoldową. Wzniesiono jednonawową budowlę z półkoliście zamkniętym prezbiterium, dwiema niskimi czworobocznymi wieżami i przewyższającym je trójkątnym szczytem fasady. Dwie boczne kaplice są starsze od reszty kościoła. W jednej z nich znajduje się uwieczniony przez Adama Mickiewicza w Inwokacji do „Pana Tadeusza” cudowny obraz Matki Bożej Nowogródzkiej. Jest to XVIII-wieczna kopia obrazu z nowogródzkiego kościoła jezuitów. Inny cenny obraz przedstawia św. Michała Archanioła, patrona miasta. Pochodzi ze zniszczonego kościoła dominikanów. W kaplicy Bożego Ciała znajduje się marmurowa płyta z 1643 r. upamiętniająca Jerzego Dusiackiego i jego ośmiu towarzyszy poległych w bitwie pod Chocimiem. W czasie kampanii napoleońskiej Francuzi urządzili w farze magazyn. Świątynia bardzo ucierpiała i popadła w ruinę. Po 1831 r. ówczesny proboszcz wystarał się u władz rosyjskich, aby przenieść parafię
z fary do kościoła św. Michała, który zaborcy planowali zamknąć. Był to ostatni kościół nowogródzki w dobrym stanie. Fara groziła już zawaleniem, a władze rosyjskie nie zezwalały na remont. W 1857 r. farę zamknięto. 1.11.1922 r. poświęcono odbudowaną świątynię. Przywrócono parafię. W 1929 r. sprowadzono siostry Nazaretanki, które roztaczają opiekę nad farą. Obok kościoła znajduje się kamień ku czci 11 sióstr Nazaretanek zamordowanych przez hitlerowców 1.08.1943 r. Sarkofag z ich szczątkami znajduje się w bocznej kaplicy kościoła. 5.03.2000 r. siostry zostały beatyfikowane przez Ojca Świętego Jana Pawła II. Pozostała przy życiu siostra Małgorzata, jako jedyna osoba duchowna, opiekowała się kościołem farnym do 1956 r., kiedy przybył do Nowogródka pierwszy powojenny proboszcz.

W lutym 1422 r. król Władysław Jagiełło poślubił tu księżniczkę Zofię (Sonkę) Holszańską.
Tutaj 12.02.1799 r. ochrzczono Adama Mickiewicza.