Wedle ustnych przekazów początki sanktuarium maryjnego sięgają XIV w. Mówią one o cudownie ocalonym skazańcu, który pod wpływem objawienia wyrzeźbił piękną figurę Matki Bożej z Dzieciątkiem i umieścił ją na pniu dorodnej lipy przy drodze z Kętrzyna do Reszla. Miejsce to zasłynęło cudami i uzdrowieniami.

Już w średniowieczu pielgrzymowano tu z Prus, Warmii, a nawet Mazowsza. Prawdopodobnie w XV w. wzniesiono kaplicę. W 1524 r. w państwie pruskim wiarę katolicką uznano za nielegalną. Tłum protestantów z Kętrzyna obrabował i zburzył kaplicę, lipę wycięto, a figurę utopiono w Jeziorze Wirowym. W 1618 r. przywrócono katolikom swobody wyznaniowe. Sekretarz króla Zygmunta III, Stefan Sadorski wykupił Świętą Lipkę i powierzył ją pod opiekę jezuitom. W kaplicy odbudowanej w 1619 r. umieszczono kopię obrazu Matki Boskiej Śnieżnej. Rozpoczął się rozkwit sanktuarium. Od 1685 r. wielkimi nakładami pracy przygotowywano teren pod budowę kościoła, który konsekrowano 15.08.1693 r. Wnętrze świątyni wyposażano ponad 50 lat. Kunszt artystów i rzemieślników uczynił z niej perłę polskiego baroku. W ołtarzu głównym honorowe miejsce zajmuje obraz Matki Bożej z 1640 r., dzieło flamandzkiego malarza, Bartłomieja Pensa z Wilna. Obraz osłania srebrna sukienka z 1720 r., wykonana przez złotnika z Królewca, Samuela Grew. W nawie głównej na pniu drzewa lipowego ustawionym w 1728 r. umieszczona jest srebrna rzeźba Matki Boskiej z 1652 r. Święta Lipka posiada bogaty skarbiec. Parafię formalnie utworzono w 1816 r. Po kasacie zakonu w 1780 r. jezuici powrócili do Świętej Lipki w 1932 r. Od zakończenia II wojnie światowej ustawicznie wzrasta ruch pielgrzymkowy. Do Matki Bożej Świętolipskiej przychodzą także ewangelicy. Obraz Matki Jedności Chrześcijan ozdobił koronami papieskimi 11.08.1968 r. Prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński, w obecności kardynała Karola Wojtyły. 24.02.1983 r. papież Jan Paweł II nadał kościołowi w Świętej Lipce tytuł Bazyliki Mniejszej.

Ostatni wielki mistrz krzyżacki Albrecht Hohenzollem w 1519 r. pielgrzymował z Królewca do Świętej Lipki. Wśród pielgrzymów znalazł się również królewicz Jan Kazimierz.
W 1708 r. przybył tu król Stanisław Leszczyński ze swoim dworem.
W sanktuarium odbywają się bardzo znane koncerty organowe na instrumencie powstałym w latach 1719-1721. Organy posiadają ruchome figurki.
W 1984 r. odsłonięto obelisk dla upamiętnienia Feliksa Nowowiejskiego, twórcy melodii „Roty”, który był uczniem szkoły muzycznej w Świętej Lipce.
10.08.2008 r. poświęcono odlany z brązu pomnik papieża Jana Pawła II i Prymasa Tysiąclecia Stefana Wyszyńskiego.